А кто-нибудь сталкивался с историей, что маршруты, которые строит гугл мэпс не совпадают по номерам автобусов, с теми, что есть в Тбилиси фактически?

Да. Лучше строить маршруты через приложение Moovit.

Яндекс у себя исправил и теперь новые показывает.

Их буквально недавно все перенумеровали.

Не совпадут если ремонт дорог идет и временно все перекрыто.

К примеру сейчас через авлабари не идет практически ни один автобус, пока ремонтируют дорогу, как только ремонт завершится автобусы будут ходить по заявленному маршруту а сейчас только метро и один номер автобуса кажется 346.

Вообще лучше ещё смотреть в ТТС, потому что в мувит нет маршруток.