Живу в Италии на границе с Францией, ближайший аэропорт Ницца. родной брат и его дочь ( моя племянница) подаётся на итальянскую визу.

Приложите пояснительное письмо, что аэропорт Ниццы ближайший и поэтому перелет был туда, а проживание было в Италии. Если племянница прикладывала к документам на визу Ваше приглашение, то Вы должны были ее зарегистрировать в полиции, они выдают документ подтверждающий, типа временной регистрации, вот его тоже приложите.