Имеется ВНЖ Франции, прививки нет. Я правильно понимаю, что НЕ могу въехать в Испанию прямым рейсом из России и остаться, могу лишь совершить транзит через Испанию? Заранее спасибо.

Прививка никак на это не влияет. Были случаи депорта с внж другой станы ЕС на прямом рейсе, но это было давно. Писали, что зависит от аэропорта, в который прилетаете (условно Аликанте - депорт, Барса - норм). Через Францию точно лететь можете.