А знает ли кто о случаях когда vfs не продлевали 90 дневный штамп? Часто ли такое происходит? Что делают тогда в этом случае?

По моему вы не так давно подали на продление. Люди ждут по 45 дней. Кому то за три недели дают. Набираемся терпения. Если вы никого не убили и не было проблем с законом, вам продлят визу. Не переживайте.