А если есть гр РФ и гр ЭР, но проводить время вне Эстонии более 183 дней, то доплачивать в Эстонии придется до 20% со всех остальных доходов, верно?

Да, налоги платят за календарный год. И ты по его итогам либо резидент, либо нет. Я при переезда доплачивал налоги до 30% за январь и февраль после переезда. Но ты не можешь быть и резидентом и нет в течении одного года.