В Эстонию через Питер требуется ли Шенген виза? Или можно другую визу сделать?

Конечно, нужен Шенген.

Эстония впускает к себе: - на безвизовой основе тех кто имеет паспорта соответствующих государств (например, граждан Украины даже если они не претендуют на статус беженца), - по Шенгенской визе граждан иных государств, в том числе РФ.