есть ли ограничения на въезд в Эстонию после ревакцинации? Надо ли выжидать какой-то период после третьей вакцины?

Да, нет и нет. Три вопроса, три ответа .

Ждать нисколько не надо, код активен в день обновления сертификата, до обновления (до добавления бустера) действует старый, если он не просрочен. Кстати номер сертификата остался прежним.

На криис ее в вопросы и ответы про новые правила - там все четко.