Подскажите может ли ребёнок 12 лет лететь один из РФ в Стамбул, если его родители оба в Стамбуле?

Теоретически да, но это еще зависит и от правил авиакомпании, узнавайте у них.

Вам надо нотариально оформить Согласие родителей на выезд вашего ребёнка из РФ. Находясь сейчас в Турции, это можно сделать в консульстве РФ в Турции.