как искать рейсы через третью страну например из России в Валенсию через Грецию или Венгрию? приложения для поисков типа каяк не позволяют выбрать промежуточный аэропорт.

Стройте сложный маршрут. Обычно там как раз и можно указать страну/город пересадки.

Просто забить в поиске аэропорт вылета в Греции и аэропорт прибытия в Испании и всё появится.