Подскажите, если через Эстонию мы летим в Испанию, то на границе так и говорить? Весь свой путь путешествия?Если не на лечение Получается лучше забронировать хотя бы день в отеле с лечением, а дальше же можно передвигаться?

Пограничникам все равно, У них нет любви или не любви, они проверяют цель визита. Цель визита- лечение/процедуры и дальнейший транзит. Это все законные основания. Их может смутить, если человек не знает, зачем едет. Ну, скажем, пытается скрыть дальнейший выезд. И путается, мычит, молчит. Тогда начнутся уточняющие вопросы. Но в целом, у них нет цели не пустить или не любить, это формальности, их работа.

Если вы к родственникам или по работе то таки нужно говорить. В данном случае транзит вынужденный.