с внж можно находится в странах ЕС 90 дней за полгода?

Поправляю, вы не правы.

Поправляю: сроки рассмотрения дела и предоставление статуса ВНЖ по 88.2 никак не зависят от правового статуса, применённого при пересечении границы Португалии

Значение имеет законность въезда, а не наличие/отсутствие национальной визы. Я въезжал по визе Нидерландов, ВНЖ по 89.2 за 6 мес в хорошие ещё времена. Это было и тогда и сейчас рекордом по срокам. За 2 мес… Знаю много кого, кто натурализовался по трудовым контрактам и подался в SEF, скажем, год назад. Воз и ныне там.

Об'ясните, что такое, по вашему мнению, национальная виза с которой легко по 88.2?