с детьми лучше отдыхать в Чолпан-Ате, Бостери? Цены на жилье одинаковые?

И там и там хорошо.

По мне так в Бостери, цены разные много приемлемого. Больше развлечений, заведений. Хотя если бюджет позволяет можно устроить неплохой отдых в Чолпон-Ате, есть коттеджные посёлки, площадки для детей и т. д. Дети маленькие?

Если с детьми едите и рем более в первый раз и без машины, то обязательно снимайте пансионат большой, ни в коем случае частный сектор. Потому что там где много народа, там всегда интереснее будет. Только ни в коем случае не "Золотые пески".

Если в ЧоллпонАте то это либо АлаТоо(это самый хороший выбор) либо Голубой Иссык-Куль.

Ну а в Бостерях их много. Только не за дорогой, а наоборот ближе к озеру. Но чем ближе к озеру тем цены стремительно растут вверх. Так что особо не торопитесь сразу снимать себе жилье.