Выезжают из России в Эстонию с украинским паспортом?

Да.

Так вообще всё просто. Из РФ выпустят так как владелец инопаспорта (гражданам РФ без второго паспорта/ВНЖ нужны основания чтобы граница "на земле" выпустила). Эстония тоже послабления ввела - официально написала что впустит с ПЦР-тестом если едете по особой причине типа учеба или по разрешению Департамента полиции и погранохраны (напишите туда запрос для спокойствия, получите письменный ответ положителтный, видимо, и погранец эстонский впустит по такому одобрямсу свыше). Если ещё и прививка есть, даже Спутник - вообще круто, можно и без запроса, сразу ехать на границу...