Основной вопрос про двойное налогообложение: как обстоят дела с налогами, если доход одновременно на ИП в РФ и в Эстонии?

Теоретически - нет договора об избежании двойного налогооблажения, поэтому положено платиь и здесь и там. Практически - они добавляют до 20-и процентов, то есть сумма получается такая же как если бы платила только здесь.