Из тех, кто получил отказы в визах в Эстонию с причиной "опасен", есть те, у кого были проблемы из-за этого отказа? Например, в запрашивании шенгена в других странах.

Проблемы возникают когда такой отказ есть дважды. То есть если вам откажет еще одна страна - следствием может быть запрет на въезд в Шенген на 10 лет. Поэтому получившим отказ рекомендую запросить какая информация о них есть в общешенгенской базе нарушителей - если они ее туда не заносят - можно не переживать.