Есть какая-то большая разница между Luxexpress и Baltic shuttle? И как вообще происходит процедура прохождения границы из РФ на автобусе?

Способ перемещения через границу не особо влияет на процедуры... На Балтик Шатле можно с животными, если у Вас аллергия на шерсть или перья - лучше выбрать автобус иного перевозчика. Но их огромный плюс - прямая довозка до основных спа-отелей. Они как автобусы с аэропортов южных стран от туроператоров - последовательно до отелей довозят хотя и отклоняются при этом от трассы до Нарва-Йыэссу и Тойлы...