Может быть кто-нибудь знает такие нюансы: если я въезжаю в ЕС через Эстонию, а выезжаю через Финляндию ( по финской визе)

Как можно считать дни по стране въезда? Если раньше самолет из России летел стыковкой в Мюнхене, в Барселону, то вы были не в Испании с испанской визой, а в Германии?

Где они увидят сколько дней Вы были в Эстонии и сколько в Финляндии?

Лучше выезжать через Финляндию.