Подскажите, как лучше проходить границу Эстонии: с автобусом, т. е. поехать из СПб, или самостоятельно доехать до Ивангорода, перейти, а там уже на автобус до Таллина?

Второй вариант экономит время прохождения границы.

Сейчас никто не знает, как лучше. Раз на раз не приходится. Зависит от количества народа на границе и насколько «проблемный» этот народ. То есть что там с документами и как долго люди перед вами проходят.