по гостевой визе (от гражданина Эстонии) можно получить шеген из любого визового центра, который выдает визы в страны шенгена или только эстонскую визу ? Где ее менее затратно получить ? И как долго по времени она делается ?

Да по приглашению! Вот и думала, что ее на месте делают. Значит все сложнее.

@Jst: В Эстонии по приглашению сейчас не сделаете, выдают только в отдельных ситуациях. Делайте визу любой страны шенгена, в которой туризм открыли (Финляндия, например), по ней сможете въезжать в Эстонию. Ну и причина выезда из РФ - лечение