Не депортируют ли россиянина, который путешествует с просроченной визой внутри шенгена? И вообще пустят ли в самолёт?

Зависит от того проверят ли основания.

Пустят ли в самолет - зависит от авиакомпании и от того, смотрят ли они основания. На перелетах внутри страны это крайне маловероятно, а на рейсах между странами даже внутри Шенгена авиакомпания иногда смотрит визу. У меня при перелетах еще до ковида смотрели неоднократно. По поводу "депортируют" - если Вы находитесь в Шенгене нелегально и полиция проверит у Вас документы и этот факт вскроется, то последствия зависят от законодательства той страны, где это случится.