Я хочу поехать на автобусе СПб - Таллин, чтобы далее попасть в Вену к моему отцу.

Из России пересечь границу с доказательством родства, т. Е со всеми свидетельствами о рождении и далее по списку.

Можете написать запрос в погранохрану Эстонии, но по идее с документами о родстве, о гражданстве ЕС вашего отца и пцр должно быть успешно всё.

Посмотрите на kriis. ee что там про членов семей граждан ЕС.