Дано, возвращение из Эстонии через Варшаву в Прагу. Эстония оранжевая зона, Польша зелёная. Перелёт компанией LOT.

По вашему описанию получается, что Польша транзитная страна (особенно если пересадка менее 12 часов). Если она на данный момент разрешает транзит для возвращения на место постоянного жительства (скорее всего, да, но лучше уточнить где-нибудь на gov. pl или www. strazgraniczna. pl), то для детей будут действовать чешские правила въезда из оранжевой Эстонии. Если я правильно помню, то для оранжевых стран можно равнозначно делать тесты до поездки и при въезде — звучит, будто в вашем случае спокойнее перед поездкой сделать.

В Польшу для въезда нужен тест, и неважно откуда вы едете, поэтому лучше его сделать, хватит антигена, они его проверяют при выходе из самолёта Единственное что если вы будете только в транзитной зоне, возможно там его не спросят, но я тут не могу дать уверенности.