Я гражданка России, прожила в Индонезии 5 лет по рабочему контракту и переезжаю в Португалию.

Здравствуйте. На английском можно. Если страна не в Гаагской конвенции, значит консульская легализация.

Позвоните в консульство или напишите им имейл, уточните могут ли они перевести вашу справку на португальский и заверить перевод консульством.

Вы обращались в консульство Индонезии и уточняли у них? Если не переводит то направит к переводчикам с которыми они сотрудничают.