Я не могу проехать через Эстонию в другую страну, если у меня есть прививка?

С действующей прививкой вы можете ехать как угодно и куда угодно. А вот транзит разрешён был только к месту постоянного проживания. Тоесть с внж/гражданством/родственниками в ЕС можно, а простому туристу у которого билет куда-то ещё – нет.