Еду из Франции в Питер, через Эстонию. Есть русское и французское гражданство. Может кто-то имел такой опыт в новых реалиях ? Не будет ли проблем ? Могут ли не пустить ?

Куда не пустить? Граждане ЕС могут свободно въезжать в Эстонию. Граждане РФ всегда могут въехать в РФ. Никаких тестов или анкет не надо нигде.

Конституция РФ, ст. 27: " Гражданин Российской Федерации имеет право беспрепятственно возвращаться в Российскую Федерацию. ".