Подскажите, пожалуйста, если недобросовестный работодатель не оплатил выставленные фактуры за два месяца работы, причем доказательства оказанных услуг есть, куда обращаться?

Пишете ему письмо (физическое), где ещё раз просите оплатить все "по-хорошему". Если не реагирует, то жалоба в суд. Закон на вашей стороне.

Написать ему письмо, и пригрозить судом. А потом только через суд, другого пути нет.

А еще перед походом в суд убедитесь, что вас самих с коллегами не обвинят в шварц-системе.