Вопрос такой, если когда-то в обозримом будущем планируешь приобретения гражданства Ирландии, штамп 2 по ИРП вот время проживания по этому штампу учитывается при подаче на гражданство ?

Штамп 2 не учитывается в гражданстве.

Да тут прям пишите. Если штамп который автоматически дается после магистра/PhD (при условии, что они закончены и есть бумажка это подтверждающая), то он не засчитывается. Если же находите работу, которая вам делает пермит и нормальный штамп, то тогда только начинает засчитываться.