Если сделать немецкую визу, въезать в Латвию и не въезжать в Германию, проблем потом не будет?

Проблема глобального потепления точно останется.

Проблемы могут быть если в следующий раз снова будете обращаться за немецким шенгеном, могут попросить подтверждения того, что вы ездили в германию. сейчас то пропустят без проблем в любом случае. все понимают прекрасно, что в ес въезжают в основном через латвию и литву и их штампы у всех соответственно.