Если разработчик заключает договор с компанией не из Литвии, и получает заработную плату на местный счет, нужно ли ему открыть ИП? И если да, то такой нужно будет платить налог в %? И не выгодней ли в таком случае открыть ООО?

Для начала надо уточнить у работодателя не из Латвии, будет ли он согласен работать с лицом, не имеющим VAT номера. Может попасть на PVN (латвийский НДС), как минимум. Плюс некоторые другие сложности могут быть. В общем случае ИП в Латвии - плохая идея, там ничего общего с российским УСН нету, лучше SIA (ООО). Но это «не является инвестиционной рекомендацией»:)