Вопрос такой, а можно ли гражданам РФ пожениться в Казахстане? Где лучше это сделать, в посольстве РФ или в ЗАГСе Кз?

Через посольство. Регистрация брака должна отображаться российским ЗАГСом, за границей эти функции у посольств и консульств.