Как считаете, если сын будет возвращаться на учебу в Вену ( т. е транзит) , но у него будет внж ( карточка) , срок которой истёк 15 марта, т.

Виза это виза. Это не внж. На внж так и написано, что это внж. А на визе чётко написано, что это виза. Учёба - это основание для выезда. Пусть делает подтверждение учёбы, и вперёд.

К визе. Ему нужны доки из уч. Заведения, что он там учится, и желательно справка о том, что у него ВНЖ на замене.

В Вашем варианте всё пррсто. Обращаетесь в то образовательное учреждение где учится дитё. Пусть справку сделают что такой-то, паспорт такой-то, действительно учится очно в таком-то образовательном учреждении очно, что курс обучения длительный (указать с.... по...) и для продолжения должен прибыть туда-то. Получите на эл почту, переведете с немецкого на русский и все вообще хорошо будет. На эту тему есть отдельный пункт в распоряжении 763-р.