Как транспорт идёт через КПП, у каждой категории транспорта (автомобили, автобусы) есть свой коридор , или все стоят в одну очередь? Спасибо.

Свой. Ещё при въезде в РФ, машины с номерами РФ едут в отдельную очередь, тк их быстрее оформлять, иногда разрешают проехать по встречке.

Россиян на автомобиле с РФ регистрацией отправляют на автобусную если на выезд из Эстонии в РФ. Авто с эстонской регистрацией долго проходят погран. контроль из-за бюрократии временного ввоза и т. д.