Разве с однократной визой можно въезжать через третью страну?

Можно. Просто в этом случае точно надо доехать до страны, выдавшей визу, и провести там больше времени чем в любой другой шенгенской стране.

Я при подаче указывала, что въезд через Эстонию.

С однократной можно один раз выехать в шенген.