Кто знает, если есть ВНЖ эстонский, есть ли ограничения по отсутствию в ЕС? Условно, если я больше года не выезжала из РФ?

Тогда всё. Правила ЕС: если больше года не был в ЕС - это потеря связи со страной и аннулирование внж.

Закон об иностранцах Эстонии.