Подскажите пожалуйста, если гражданин Израиля( имеет российский вид на жительство) едет в Израиль , через Эстонию. Его пропустят на границах, и что ему надо?

Шалом! Россия Вас как иностранца выпустит беспроблемно. В Эстонию Вы тоже пока (до 2023 года) войдете по даркону (загранпаспорт израильский у Вас, по идее, должен быть именно для этого) без допразрешения. И прививка (российская, подтверждаемая на Госуслугах, или сделанная в Израиле, но тогда подтверждаемая по евробазе) сроком не более 270 дней от второй дозы или подтвержденный статус переболевшего за последние 180 дней или ПЦР 48 часов. Ковиду без разницы какой у Вас паспорт, а въезжаете из России поэтому в этой части на общих основаниях с нами, россиянами, будете.