Если прилететь в Женеву через третьи страны, конечный пункт Франция требуют ли в Женеве сертификат?( Франция отменила вакцину /ПЦР для туристов)

Вам таможню по-любому Швейцарии проходить, погранцы швейцарцы будут, а не французы. А потом уже можете ехать куда хотите.

Когда из России прилетала, то всегда Швейцария была. Когда из ЕС ее вообще не было. 2 таможни это при посадке.