Кто ездил из Армении в РФ по загран паспорту - подскажите, ставят ли печати при переходе через границу (самолетом)?

Да.

Ставят.

Если только вы не проходите контроль в кабине-автомате без человека, в Москве, в Шереметьево есть такие . Это можно сделать, если паспорт серии 75... и выше.