Подскажите, если я находился в Бразилии 87 дней в период с сентября 2021 года по декабрь 2021 года, затем вернулся в Россию.

Ну ваши 180 дней пошли в сентябре в день въезда.

Есть понятие «миграционный год» Повторный въезд возможен в рамках лимита 180 дней в 365 дней миграционного года, который считается от даты первого въезда в Бразилию после ноября 2017 г.