Подскажите, пожалуйста, мой сын живёт на Мальте, у него ВНЖ Мальты. Хочу полететь к нему через Таллин. Это будет основанием для того, чтобы наши выпустили меня в Эстонию или надо что-то ещё?

Ничего больше не надо. Кроме документов.

Я в Эстонию через Минск попала. Без вопросов.

Берете копию ВНЖ сына (правда, если он сообщал об этом в МВД РФ, если нет - то может и правда лучше через Беларусь чтобы сына не "сдавать") и копию его свидетельства о рождении.