Если я въеду в финку через Эстонию, и буду въезжать в Россию из Финляндии, на российской границе у меня не будет никаких проблем?

Не будет.

О перемещении из Эстонию в Финляндию: Как именно Вы перемещаетесь за границей - Россию мало интересует, только не сообщайте там как войска внутри России и тем более из России вовне перемещаются и не подавайте виду если узнали знакомого по России человека, который почему-то играет роль коренного местного... О въезде в Россию: Вас Родина-мать примет с радостью в любом виде. Если ковидом заболели по пути (так бывает) - всё равно примет и сразу лечиться отправит. Относится спокойно к тому факту что Вы въедете в совершенно другом месте, не в том где из России выезжали.