Скажите, пожалуйста, меня тут одно агентство убеждало, что подавать на ВНЖ по D3 можно только из страны, где ты живешь. А если я в португалии - то нельзя. Так ли это?

Это абсолютно не верно. Вернее так, Д3 это виза которая потом переходит в внж по статье 90, как высококвалифицированный специалист. Но, есть возможность сделать внж по этой статье приехав как турист.