Подскажите, если я работаю удалённо более 2000 долларов, но не имею пассивного дохода. Я могу подавать на визу и жить в Португалии ?

Теоретически да, на практике очень много но.

Подать-то можете, а решение всегда будет зависеть от всего пакета документов, а не от одного этого пункта.