На вокзале в Пятигорске надо идти по подземному переходу к поезду?

да, переход к поездам подземный

Если Вам на поезд из Кисловодска, то скорее всего он подойдет к платформе, на которую выход без подземного перехода.

Если надо на проходящую электричку в обе стороны или поезд в сторону Кисловодска, то переход по подземному переходу.