Почему границы биосферы не совпадают с границами внешних оболочек Земли?

Я считаю, потому что это качественно разные понятия. Внешние оболочки определяются веществом, из которых состоят, а биосфера наличием живых организмов.

Оболочки Земли и биосфера

Атмосферу и гидросферу принято считать внешними оболочками, так как они «покрывают» поверхность Земли.
Атмосфера легко может стать непригодной для жизни — ядовитые примеси, исчезновение озонового слоя, полное изменение состава — все это меняет атмосферу, но не уничтожает.
Гидросфера опять же может содержать высокую концентрацию металлов, яды или кислоты, но это все равно будет гидросфера.

То же самое с литосферой — внутренней оболочкой — будет в ней жизнь или нет, это саму литосферу не отменит.
Но с биосферой все сложнее.

Строение биосферы

Можно определять биосферу как все живые организмы плюс продукты их жизнедеятельности, а еще среда, пригодная их для жизни. Понятно, насколько понятие «биосфера» отлично от понятий «атмосфера» или «гидросфера». Основной показатель внешних оболочек — наличие какого-либо вещества (воды, газа).
А вот биосфера имеет более сложное и неоднородное строение, в нее входят:

• живые существа — от животных до бактерий;
• преобразованные останки живых существ — (нефть, известняк);
• горные породы магматического происхождения;
• почвы — это горные или осадочные породы, преобразованные живыми существами;
• вода — любые источники;
• внеземной мусор (космическая пыль, метеориты).

  

Границы биосферы

Насколько я знаю, толщина биосферы — это где-то 40 километров.
Она охватывает все три оболочки, но ее границы обусловлены возможностью существования жизни.
В атмосфере живые организмы не могут жить выше озонового слоя, то есть граница проходит по тропосфере.
Гидросфера вся охвачена биосферой. Я точно помню, что читала о Марианской впадине, где на дне есть рыбы, моллюски, амебы.

И литосфера — это внутренняя оболочка, жизнь встречается на глубине 1–2 километров, зависит от уровня температуры.
Сфера жизни — самая молодая из оболочек планеты, но и самая динамичная. Только в ней идут и биологические и геологические виды эволюции одновременно.