Как вы думаете, существует ли разница между городом, который естественно «вызрел», «вырос» на территории, и городом,

Города, которые естественно "выросли" или "вызрели" обычно строились на берегах больших и малых рек, что с древних времен было очень удобно в плане торговли или путешествий в другие места. Благодаря рекам горожане также кормились (ловили рыбу), из рек во все времена добывали строительные материалы (песок) для строительства. Сегодня наличие реки в черте города или вблизи оного это еще и автоматическое решение проблемы водоснабжения.

Что касается городов, выросших "на пустом месте", скажем, возле месторождений полезных ископаемых, то у них есть несколько минусов. Во-первых, если рядом нет реки, то откуда брать воду для обеспечения города водой? Во-вторых, добыча полезных ископаемых и наличие предприятий для их переработки не самым лучшим образом влияют на экологию и соответственно, на качество жизни горожан.