Я подаюсь на визу в Японию как студентка, в моем университете дают справку только в формате А5, а не А4, на сайте написано, что принимают только А4. Это критично?

Нет вообще, на а5 тоже ок полностью Можете еще для удобства взять пустой лист а4 и на месте спросить в окне, может справку на этот лист уголком приклеить, чтобы не потерялась. Ну это так, мелочь для удобства.