Подскажите, пожалуйста, где лучше остановиться на Мальте.

Попробуйте рассмотреть Меллиху, там большой песчаный пляж.

https://maps.app.goo.gl/ht5Rncg5Bg5zKPtZ6?g_st=ic

Так сложилось, что на Мальте хорошие пляжи на одной стороне острова, а удобная пересадка общественного транспорта (Валлетта) - на другой. Мне кажется логичнее выбирать Валлетту,

Оптимальный вариант, в вашем случае, Моста. Она практически равноудалена и от пляжей, и от достопримечательностей. С хорошей сетью маршрутов общественного транспорта

Если Вы хорошо плаваете и готовы к каменистым пляжам, можно выбрать Слиму, там есть пляжные лидо для отдыха с комфортом или же просто камни и лесенки. Там будет очень чистая вода практически по всему побережью (не обращайте внимания на мнимые песчаные пляжи в Слиме или на границе с ней, вот туда точно не надо), и автобусное сообщение нормальное. По крайней мере, много автобусов и даже морской трамвайчик в Валлетту, а оттуда уже точно доберетесь в любую точку острова). Ну либо отдых на Гозо, если едете не на очень длительный срок, там все есть, и все на маленьком расстоянии друг от друга, есть и пляжи отличные, и достопримечательностей тоже полно