Я в VE указал адрес пребывания приглашаемого лица для визы (отличается от адреса прописки, но город тот же). Тогда и в анкете на Шенген тоже адрес пребывания писать? Чтобы совпадало.

В анкете нужно заполнить адрес приглашающего по прописке) А в приглашении в свободной форме указать где будет проживать ваш гость во время гостевого визита) Посмотрите внимательнее VE , там пишется где проживает приглашающий , после его личных данных, разве там адрес не по прописке у вас?