Мы будем вылетать с Казахстана 1 сентября ,это будет просрочка 4 дня, но в аэропорт мы придем 31 августа когда еще будет 3 день просрочки, т.е предупреждение, как это будет считаться?

Важно не то, когда вы в аэропорт приедете, а то, когда пройдете границу Казахстана. Если доберетесь до пограничника в будке ранее 24:00 31 августа, то будет 3 дня считаться. А если к нему попадете в 00:01 1 сентября, то это уже 4 дня. Даже одна минута после полуночи считается за полный день пребывания в стране.