Едем из Сербии в Черногорию на автобусе. Таможенник из Сербии не поставил штамп о выезде, но в Черногории на таможне поставили о въезде. Будут ли какие-то проблемы в дальнейшем если нет штампа о выезде из Сербии (штамп о въезде есть)?

Не должно быть проблем, т.к. помимо штампа, при выезде ваш паспорт скорее всего прокатывали через сканер, который электронно отмечает в системе, когда вы покинули Сербию. Но даже если пасс не прокатывали и вы будете возвращаться в Сербию и возникнет вопрос, то штамп о въезде в ЧГ может быть подтверждением, что вы покинули Сербию в такую-то дату.